Lokasi

Pondok Pesantren Qomaruddin terletak di Dusun Sampurnan, Desa Bungah, Kecamatan Bungah, Kabupaten Gresik, Propinsi Jawa Timur. Dari pusat kota Gresik lebih kurang 17 km menuju ke utara. Tepatnya, 200 m sebelah barat Kantor Kecamatan Bungah Gresik. Wilayah Kecamatan Bungah merupakan daerah konsentrasi pondok pesantren dan pendidikan umum di wilayah kabupaten Gresik belahan utara.

Di desa Bungah selain Pondok Pesantren Qomaruddin juga terdapat pondok pesantren – pondok pesantren lain. Di antaranya ialah; Pondok Pesantren Al-Ishlah, Asrama Pesantren Ta’limul Qur-an, Pondok Pesantren An-Nafi’iyah, dan Pondok Pesantren Baiturrahman. Keempat pesantren tersebut masih dalam satu jalinan keluarga dengan Pondok Pesantren Qomaruddin, yang berdiri sendiri-sendiri secara otonom, baik dalam pengelolaan ke dalam maupun urusan ke luar. Selain itu, sebagian besar santri-santri keempat pesantren tersebut mengikuti kegiatan pendidikan formal di Pondok Pesantren Qomaruddin.